Urodził się 20 marca 1937 roku w Warszawie. Jego ojciec Cyprian Leon Kowalewski był oficerem rezerwy Wojska Polskiego. Podczas niemiecko-sowieckiego napadu na Polskę we wrześniu 1939 roku trafił do sowieckiej niewoli i został osadzony w obozie jenieckim w Starobielsku. Rok później został rozstrzelany w Charkowie podczas sowieckiego ludobójstwa inteligencji polskiej.
Matka była przedwojenną aktorką teatrów polskich. W rzeczywistości nazywała się Elżbieta Pelagia Herszaft i pochodziła z żydowskiej rodziny ze Lwowa, ale najpierw używała pseudonimu scenicznego „Lidia Czachurska”, zaś po ślubie z ojcem Krzysztofa przyjęła nazwisko męża Kowalewska, ukrywając swe pochodzenie nawet przed synem.
– Mama miała tzw. dobry wygląd. Była piękną kobietą o blond włosach i niebieskich oczach. Funkcjonowała jako aryjka. Ona przez wojnę przeszła jak taran. Była twarda, nie rozczulała się nad sobą. Upór matki uratował mi życie – opowiadał Krzysztof Kowalewski w książce „Taka zabawna historia”.
