Janusz Morgenstern urodził się 16 listopada 1922 r. w Mikulińcach na polskim Podolu (od 1939 r. pod okupacją sowiecką, a po rozpadzie ZSRS pod okupacją ukraińską). Oboje jego rodzice, Dawid Morgenstern i Estera z domu Druks byli polskimi Żydami. Mały Janusz od dzieciństwa wychowywał się w polsko-żydowskim środowisku i jak powiedział w jednym z wywiadów, od dzieciństwa mówił po polsku i uważał się za Polaka-Żyda. Aż do napaści niemiecko-sowieckiej młodość spędził na Podolu. Tam też, mieszkając u wuja w Przeworsku ukończył Miejskie Gimnazjum Koedukacyjne im. Króla Władysława Jagiełły i zdał maturę.
